作为一家有历史环保处罚和经营纠纷提示记录的企业，申请高新技术企业认定确实会受到影响。但是，这并不意味着企业就没有获得高新技术企业认定的机会。事实上，企业可以采取以下几种措施来应对这种情况。
第一，企业要重视环保工作，切实履行环保义务。企业在经营过程中要注重环保，严格执行相关环保法律法规，提高环境意识，积极投入环保设备和技术的改进，注重对环境影响的预防和控制。只有这样，企业才能真正将环保问题解决，避免未来出现环保处罚记录。
第二，企业要积极解决经营纠纷，避免出现经营纠纷记录。企业要建立完善的内部管理制度，严格遵守各项规章制度，加强对供应商和客户的沟通交流，及时了解市场情况，预测经营风险。只有在不断完善经营管理和风险控制的基础上，才能有效避免经营纠纷的发生。
第三，企业可以通过法律手段清除历史环保处罚和经营纠纷记录。如果企业确实存在历史环保处罚和经营纠纷记录，可以通过申请法院判决，撤销相关记录，再提交高新技术企业认定申请。当然，这需要企业在整个法律诉讼过程中，派遣专业律师为其提供咨询和代理服务，并全面收集和整理相关证据材料，以证明企业对环境保护和经营管理问题的积极态度和努力。
第四，企业可以通过自查自纠的方式来改善自身情况，提高企业信用度。企业应当制定并严格执行一系列自我约束和自我审查制度，积极开展信息公开、信用评级等工作，对外展示企业的良好形象。同时，企业要加强对内部员工的培训和教育，切实提高员工的法律意识和纪律观念，让所有员工知法守法，树立良好的企业形象和文化。
以上是企业应对历史环保处罚和经营纠纷记录的方法和建议，希望对企业申请高新技术企业认定有所帮助。最后，企业要重视企业信用建设，积极践行社会责任，树立良好的社会形象，才能更好地获得高新技术企业认定和其他相关荣誉称号。
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